Onmyoudou büyüsü, İkinci Dünya Savaşı sırasında Japonlar tarafından üstünlük sağlamak ve ülkelerini güçlü bir güç olarak kurmak için kullanılan güçlü bir teknikti. Ancak, saygı duyulan onmyouji Yakou Tsuchimikado'nun Tokyo'yu bugüne kadar etkileyen “Büyük Ruhsal Felaket”i tetiklemesinin ardından Japonya kısa sürede yenilgiye uğradı. Bu talihsiz olayın sonucunda, daha fazla ruhani felaketi önlemek ve dünyaya giren iblislerle savaşmak için Onmyou Ajansı kuruldu.Günümüzde Onmyoudou, tıp ve teknoloji gibi çok çeşitli alanlarda kullanılmak üzere çok daha modern, basitleştirilmiş ve rafine hale gelmiştir. Ancak, Tsuchimikado'nun yan kolunun bir üyesi olan Harutora'nın durumunda olduğu gibi, herkes bu büyüyü kullanamaz. Tsuchimikado'nun ana kolunun varisi ve Yakou'nun reenkarnasyonu olduğu düşünülen Natsume'yi, onun familiar'ı olarak korumaya dair eski bir sözüne rağmen, Harutora yeteneksizdir ve bunun yerine normal bir hayat sürmeyi tercih eder. Ancak Onmyou Ajansı'nın önde gelen bir üyesi, Japonya'nın çöküşüne yol açan aynı deneyi yeniden yapmaya çalıştığında, Harutora sözünü tutmaya karar verir ve Natsume'nin yanında savaşmaya başlar.