Japonya'nın Akademi Şehri, bilimin öncüsüdür. Teknolojik olarak dünyadan 30 yıl önde olmasının yanı sıra, bu tuhaf şehrin nüfusunun dörtte üçünden fazlası, çeşitli kurumlarda psişik yeteneklerini geliştiren öğrencilerden oluşmaktadır. Bu öğrenciler arasında, psişik yetenekleri en düşük seviyede olan lise öğrencisi Touma Kamijou da bulunmaktadır. Ancak Kamijou, hiçbir bilim insanının anlayamadığı gizemli bir güce sahiptir: “Imagine Breaker”, diğer doğaüstü yetenekleri geçersiz kılmasını sağlayan bir güç.Ancak bu, Kamijou'nun sıradan bir genç olarak yaşadığı hayatı hiç etkilememektedir; ta ki, yasaklanmış büyü kitaplarının tamamını ezberlemiş olan garip Index Librorum Prohibitorum adlı genç kızla tanışana kadar. Şimdi tehlikeli bir örgüt Index'i avlamaktadır. Birkaç büyücü kıza zarar vermek isterken, Kamijou yeni arkadaşını her ne pahasına olursa olsun koruyacak ve doğaüstü olayların garip yeni dünyasını keşfedecektir.