Daihasei Festivali başladı ve bu tabii ki prestijli bir kız ortaokulu olan Tokiwadai Ortaokulu'nun da yarışmaya katıldığı anlamına geliyor. “Tokiwadai'nin Ası” Mikoto Misaka'nın katılımına rağmen, diğer öğrenciler, onun ezici gücü karşısında bu başarı ne kadar imkansız görünse de, kazanmak için ellerinden gelenin en iyisini yapıyorlar.Ancak her şey eğlence ve oyun değil. Festival nedeniyle Akademi Şehri dış dünyaya açılıyor ve çeşitli gruplar şehre sızmak için planlar yapmaya başlıyor. Misaka onların radarında görünüyor ve festival ilerledikçe gölgelerde gizlenen insanlar ortaya çıkmaya başlıyor...Toaru Kagaku no Railgun T, Tokiwadai Ace ve arkadaşlarını Akademi Şehrinin karanlık tarafına daha da derinlemesine dalarken geri getiriyor. Terörist saldırılardan acımasız yeraltı projelerine kadar, bu şehirde her şey mümkündür.