Büyü dünyası ile Akademi Şehri arasındaki gerginlik artmaya devam ederken, Touma Kamijou ve onun olumsuzlama gücü, çevresindeki insanların hayatlarını korumak için hem esper hem de büyücülerle yüzleşmek zorundadır. Tabii ki, bu mücadelede yalnız değildir; yanında olsun ya da olmasın, eski ve yeni dostları ve düşmanları ona yardım etmek için savaşa girecektir.Toaru Majutsu no Index II, Touma ve müttefiklerinin savaşının ölçeği giderek büyüdükçe, aksiyon ve komedi hikayesini sürdürüyor. Ufukta yavaş yavaş bir çatışma baş gösteriyor ve büyü ile bilim, yaklaşan savaşta bir kez daha kesişecek.