The Qwaser of Stigmata Seikon no Qwaser

Saint Mikhailov Akademisi'nin eski müdürü olan Tomo Yamanobe'nin babası ortadan kaybolduğunda, geride “ikon” adlı bir sanat eseri dışında hiçbir şey bırakmadı. Kaybolmasından kısa bir süre sonra, akademinin kız öğrencilerine saldıran bir seri katil olduğu söylentileri yayılmaya başladı.Tomo ve kız kardeşi Mafuyu Oribe okulda eziyet gördükten sonra eve dönerken, Tomo yaralı gümüş saçlı bir çocuğa takılır ve ona yardım ederken çocuk aniden ortadan kaybolur. Mafuyu onu aramaya gider, ancak ikonun bulunduğu kilisenin yandığını fark eder. Resmi kurtarmaya çalıştığında, söylentilere göre seri katil, magnezyumu kontrol etme yeteneği ile ona aniden saldırır. Birdenbire ortaya çıkan, demiri kontrol edebilen gümüş saçlı çocuk Mafuyu'yu kurtarır.Mafuyu, Alexander Nikolaevich “Sasha” Hell adlı çocuğun, emzirme yoluyla aldığı ‘soma’ gücüyle elementleri kontrol edebilen bir “qwaser” olduğunu öğrenir. Bu zorlu deneyimden kafası karışan Mafuyu, Sasha ertesi gün onun sınıfına transfer olunca, bu durumu atlatmaya çalışır ama pek başarılı olamaz. Diğer qwaserlerin tehlikesi başlarına çöktüğü halde, Tomo ve Mafuyu'nun normal okul hayatı nasıl devam edecek?